A fisioterapia na medicina veterinária busca prevenir, curar lesões e ainda reabilitar o animal, ou seja, devolver a ele condições para o convívio social. Esta especialidade do HVB utiliza o conceito da fisiocinesioterapia, que consiste na utilização de meios físicos e de movimentos (exercícios terapêuticos) para tratamento. São utilizadas as seguintes técnicas: laserterapia, sonidoterapia, eletroterapia (para fortalecimento, regeneração tecidual e controle de dor), fototerapia, magnetoterapia, termoterapia, rampas, pranchas, pilates ball, rolos, estímulos neurossensoriais e facilitações neuro-musculares, drenagem linfática, alongamentos e pilates.
O tratamento com a fisioterapia é indicado em diversos casos como artroses de membros ou coluna e outras doenças degenerativas, frequentes em animais idosos; desvios de postura; doenças neurológicas; problemas ortopédicos como ruptura total ou parcial de ligamentos ou tendões; feridas de difícil cicatrização; edemas localizados ou generalizados e dificuldade de emagrecimento.